居民企业转让股权收入应当缴纳企业所得税，其应税所得为企业股权转让收入扣除为取得该股权所发生的成本的余额。企业财富安全研究院提示企业所得税的税率可分为三种情况：
1、税法规定法定税率为25%，不分内资企业和外资企业；
2、国家需要重点扶持的高新技术企业税率为15%；
3、小型微利企业税率为20%；均应向股权变更企业所在地的国税部门交纳。
但企业法人在转让股权时和自然人股东相比，具有税收上的优势。本文不惴浅陋，分析如下：
一、居民企业转让股权的财税风险。
1、居民企业转让股权没有收到转让款也要缴税。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》三、关于股权转让所得确认和计算问题：企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
2、股权转让不得核定征收企业所得税。
我国税法《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第27号 ）规定专门从事股权（股票）投资业务的企业，不得核定征收企业所得税；依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权（股票）收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目（业务）确定适用的应税所得率计算征税。
3、企业股权转让合同被法院判决撤销，已缴纳的企业所得税不能要求退还。
裁判要旨：《中华人民共和国税收征收管理法》第二条规定：税收的开征、停征、以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。目前税收征收管理法律法规规定的退税情形中也没有关于股权转让协议被撤销后，应退回之前所缴纳的企业所得税的规定。
本案中，虽然天长法院判决撤销了天琴公司与金数码公司签订的《股权收购协议书》，从合同法规定上来看，该协议以及股权转让行为自始无效。就股权收购双方应互相返还，或向对方赔偿损失。但从行政法律关系上来讲，合同被撤销或有效无效不是决定税款是否退还的关键，退税要于法有据。
案件来源：安徽省滁州市琅琊区人民法院行政判决书 （2016）皖1102行初3号，天长市天琴医药包装有限公司与安徽省天长市地方税务局、安徽省滁州市地方税务局税务行政管理（税务）行政复议纠纷一审行政判决书。
4、法人企业的股权转让所得可以弥补以前年度允许弥补的亏损。
《企业所得税法》第五条 企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。 第六条 企业以货币和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：（三）转让财产收入《国家税务总局 关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）规定：转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。
因此，法人企业的股权转让所得可以弥补以前年度允许弥补的亏损。
5、企业转让部分股权，剩余非货币型资产投资部分不能享受递延税收优惠。
企业发生非货币性资产对外投资按上述文件享受递延纳税的，其在5年内转让股权，无论是全部转让还是部分转让，均应停止执行递延纳税政策，并就递延期内尚未确认的非货币性资产转让所得，在转让股权或投资收回当年的企业所得税年度汇算清缴时，一次性计算缴纳企业所得税。
6、企业重组并购纳税递延只能适用居民企业股东，自然人股东不能适用。
财政部、国家税务总局《关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]59号)规定，企业重组是指企业（不包括自然人）在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
7、企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
根据《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条的规定，转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
例如a企业对b企业投资，a企业的股权投资成本为100万元，b企业留存收益中有40万元（其中未分配利润30万元、盈余公积10万元）为a企业应享有的份额。a企业若以150万元的价格将该股权转让，股权转让所得应为150——100＝50万元，而不是150——40——100＝10万元
8、股权转让时目标公司未发生土地使用权转让的应税行为，故无需缴纳土地增值税。
裁判要旨：由于转让股权和转让土地使用权是完全不同的行为，当股权发生转让时，目标公司并未发生国有土地使用权转让的应税行为，目标公司不需要缴纳土地增值税。
案件来源：马庆泉、马松坚与湖北瑞尚置业有限公司股权转让纠纷二审民事判决书，[最高人民法院（2014）民二终字第264号]。
二、 居民企业转让股权的法律风险。
1、股权变更登记不影响股权转让协议的效力。
裁判要旨：（1）合法的股东会决议应当包括决议的程序合法、内容合法。公司股东会的决议行为违反《公司法》关于股东会召开程序的规定，其内容违反法律的规定，且该决议应认定为无效。股权转让协议的认定应以股东意思自治为原则，只要协议不违反法律上禁止转让的规定，就具有法律效力。
（2）根据《公司法》规定，工商过户登记仅为所有股权转让的公示方式，并非股权转让协议的生效要件，未经工商登记并不能认定股权转让协议无效，协议双方仍应依约定履行各自义务。
案件来源：案号：（2008）开民初字第134号河南省申发饮食有限责任公司诉河南大学生创业投资有限公司股权转让纠纷案，审理法院：河南省郑州高新技术产业开发区人民法院 来源：《人民法院案例选》（2009年第3辑）
2、矿山企业股权转让无需行政审批。
裁判要旨：《矿产资源法》等行政法律法规对转让探矿权规定了相应的行政审批手续，但对矿山企业股权转让没有任何强制性规定，当事人以矿山企业股权转让未履行行政审批手续为由主张合同无效的，法院不予支持。
案件来源：最高人民法院，西安东为实业（集团）有限公司与王小龙、熊道军、李国辉、李长友其他合同纠纷二审民事判决书，（2014）民二终字第78号。
3、股东以股权转让后回购作为融资方式有效。
裁判要旨：股权协议转让、股权回购等作为企业之间资本运作形式，已成为企业之间常见的融资方式。如果并非以长期牟利为目的，而是出于短期融资的需要产生的融资，其合法性应予承认。
案件来源：最高人民法院于2013年11月28日作出（2013）民二终字第33号判决。
4、未获批准的国有股权转让协议为未生效合同，股权受让人不能根据该协议取得拟转让的股权。
裁判要旨：国有股权转让协议在未获得批准前为未生效合同。未能获得批准或者由于案件情况不可能再获得批准的，股权转让协议为确定的不生效力。股份转让协议被认定不生效后，股权受让人不能根据该协议取得拟转让的股权，当事人应比照《合同法》第五十八条的规定向对方返还所取得财产。
案件来源：《陈发树与云南红塔集团有限公司一般股权转让侵权纠纷二审民事判决书》（最高人民法院二审（2013）民二终字第42号）；《陈发树与云南红塔集团有限公司股权转让纠纷申请再审民事裁定书》（最高人民法院 再审 （2015）民申字第1号）。
5、公司被吊销营业执照的事实不构成股权变动的法律障碍。
裁判要旨：我国《公司法》规定，公司被吊销营业执照后，禁止从事一切经营活动。但是相关法律未规定被吊销营业执照的公司不能进行股权变更。并且，股权转让也不属于上述的经营活动。因此，公司被吊销营业执照的事实，不能成为股权转让的法律障碍，当事人以此为由拒绝履行合同义务的，不应予以支持。
案件来源：最高人民法院：北京时光房地产开发有限公司、新华信托股份有限公司与北京时光房地产开发有限公司、新华信托股份有限公司等合同纠纷申请再审民事裁定书[（2015）民申字第3135号]。江苏省工商行政管理局《被吊销营业执照的公司股权变更登记规范》第一条 ：被吊销营业执照的有限公司股权发生变更的，可以向登记机关申请办理变更登记。
6、股东股权冻结，其他股东能否增资？
1、最高法院于2013年11月14日以(2013)执他字第12号函向山东省高级法院答复：原则上同意你院审判委员会意见。在人民法院对股权予以冻结的情况下，公司登记机关不得为公司或其他股东办理增资扩股变更登记。本案在按判决执行股权时，应向利害关系人释明，作为案外人的其他股东可以提出执行异议，对异议裁定不服，可以提起异议之诉，要注意从程序上对案外人给予必要的救济。
2、国家工商总局答复内蒙古自治区工商行政管理局：你局《关于未被冻结股权的股东能否增加出资额、公司增加注册资本的请示》收悉。经研究，答复如下：
冻结某股东在公司的股权,并不构成对公司和其他股东增资扩股等权利的限制。 公司登记法律法规、民事执行相关法律法规对部分冻结股权的公司，其他股东增加出资额、公司增加注册资本没有禁止性规定。 因此,在法无禁止规定的前提下,公司登记机关应当依申请受理并核准未被冻结股权的股东增加出资额、公司增加注册资本的变更登记。
综上，企业法人在转让股权时和自然人股东相比，具有税收上的优惠。